Ученые рассказали, как будет развиваться ситуация с «омикрон»-штаммом коронавируса в России

Для справки

Консорциум CoRGI был создан по инициативе НИИ гриппа им.А. А. Смородинцева для своевременного анализа эпидситуации. В него входит несколько научных групп и институтов, в том числе Центр Гамалеи, а также клинико-диагностические лаборатории, от которых идет основной поток образцов, полученных в медучреждениях и при обычном ПЦР-тестировании. Часть положительных результатов отправляют на секвенирование. Результаты публикуют в базе данных GISAID, которую пополняют специалисты со всего мира. На данный момент там 6,5 миллиона геномов.

За анализ данных в консорциуме отвечают научные группы профессора Георгия Базыкина, который представляет «Сколтех», МГУ, Институт проблем передачи информации им. А. А. Харкевича РАН, и Владимира Щура, заведующего международной лабораторией статистической и вычислительной геномики ВШЭ.

Русская «дельта» должна потесниться

Первых заболевших COVID-19 в России выявили в конце февраля прошлого года. А уже в апреле в НИИ им. Вредена в Петербурге, где на карантине были более 700 человек, произошла крупная вспышка заболевания. Обычно такие события стараются свести к одному случаю, но ученые на массиве данных консорциума CoRGI показали, что было минимум 2-3 независимых заноса извне. Да и сама эпидемия в РФ началась благодаря как минимум 67 завозным случаям.

Лишь секвенирование может достоверно показать, какие варианты коронавируса циркулируют внутри сообщества, пояснил соавтор работы Владимир Щур. Недавно появился очередной препринт консорциума с описанием линии «дельта»-варианта, доминирующей в нашей стране. Речь идет про AY.122, которую иногда называют «русской дельтой».

Ученые сразу видели этот вариант с двумя характерными мутациями, отметил Георгий Базыкин. Одна мутация в гене NSP2, вторая в ORF7a, это не спайк-белок, изменение которого беспокоит специалистов. Функции обоих участков не до конца понятны, однако каких-то значимых отличий от исходного «дельта»-штамма, они, скорее всего, не дают.

Причем этот вариант встречался и в других государствах, в некоторых даже размножился, но в таких масштабах — только в России. Это доказывает, что у него нет конкурентного преимущества по сравнению с основным «дельта»-штаммом. Следовательно, дело в случайном заносе в РФ, в эффекте основателя, пояснил Базыкин.

Где возникла линия AY.122, сейчас неясно. После России она была замечена в Армении, Казахстане, Эстонии, Финляндии, Молдавии, а также в Монако.

Сейчас этот штамм продолжает эволюционировать, уже образовались ответвления, но ученые не видят мутаций, которые изменяли бы его свойства. Если так пойдет и дальше, то «дельта»-вариант будет либо заменен «омикроном», либо они станут сосуществовать, считает Базыкин.

«Омикрон»-штамм шагает по миру

О штамме «омикрон» стало известно в конце ноября. В Южной Африке этот новый, сильно мутировавший, вариант вызвал вспышку заболевания. Уже 6 декабря его зафиксировали в РФ у вернувшихся из-за границы туристов. Сейчас инфицированных — десятки.

Очень важно не пропустить момент, когда «омикрон» начнет интенсивно распространяться, чтобы успеть вовремя среагировать. Если в Москве сейчас его доля достигнет 1%, то Базыкин бы предложил ужесточить ограничения, не дожидаясь увеличения числа зараженных. По опыту известно, что чем раньше начать гасить волну, тем меньше она будет.

В ЮАР, США и некоторых странах Европы «омикрон»-штамм уже вытеснил «дельта»-вариант. Этот сценарий может повториться и в РФ, хотя завозных случаев в нашей стране гораздо меньше, чем, например, в Великобритании.

По предварительным данным, «омикрон» в 3-4 раза заразнее «дельта»-варианта. Однако нельзя исключать, что это результат наложения разных обстоятельств, пояснил Владимир Щур. По его словам, у вируса есть базовая трансмиссивность, проявляющаяся при попадании в популяцию людей, которые не были привиты и никогда не сталкивавшихся с коронавирусом. Какова она у «омикрона», пока сказать трудно, потому что он распространяется в странах с высокой долей иммунного населения. На скорость распространения может оказать влияние способность уходить от приобретенной защиты. Возможно, действует сочетание этих факторов.

Новый штамм распространяется быстрее, чем вариант «дельта». Однако в ЮАР количество зараженных начало снижаться. Причем сейчас никто до конца не может понять почему это происходит. Здесь есть несколько возможных объяснений. Одно из них — легкое течение заболевания, из-за чего граждане не обращаются в больницу и не попадают в коронавирусную статистику. Таково базовое свойство COVID-19 или работает приобретенный иммунитет, неизвестно. Есть данные, что «омикрон» активно размножается в бронхах, но не опускается в легкие. Также нельзя исключать психологию. Когда эпидситуация ухудшается, люди ведут себя осмотрительнее: общаются меньше, соблюдают социальную дистанцию, носят маски и т. д. Это сдерживает заболеваемость, она выходит на плато, а потом происходит спад.

В эпидемии немалую роль играют события суперраспространения (спортивные матчи, конференции) и суперраспространители — люди или с большей вирусной нагрузкой, или с большим количеством социальных контактов. К примеру, водитель такси, если он не знает, что инфицирован, заражает в 2,5 раза больше людей, чем среднестатистический больной.

Не менее важна структура сообщества. Модели исходят из того, что популяция однородна, все общаются со всеми. В реальности есть группы и подгруппы, внутри которых контактов больше, чем снаружи. Чтобы новая группа заболела, необходимо занести вирус извне. А когда существенная доля в ней переболела, цепочки передач обрываются, то есть коронавирусу просто некуда двигаться, пояснил Щур.

Ученый убежден, что новый штамм «омикрон» вызовет волну заболеваемости в России в начале 2022 года. Рост пойдет по экспоненте, как и во всем мире. Пока что болеет один из тысячи, это не так заметно. Поскольку в нашей стране недостаточно тестируют и мало расшифровывают геномы, легко упустить нужный момент. По ощущениям Щура, у россиян остался 1-1,5 месяца до начала новой волны коронавируса.

Ранее американские ученые выяснили, что инкубационный период у «омикрона» короче, чем у предыдущих штаммов инфекции. Именно поэтому его распространение происходит быстрее.